Latar Belakang
Berdirinya STAI Nurul Huda Kapongan Situbondo tidak terlepas dari ikhtiar dan istikhoroh para keluarga besar Pondok Pesantren Nurul Huda Peleyan Kapongan Situbondo untuk mempersiapkan kader dakwah yang dapat mengawal syi’ar Islam dengan metode dakwah yang lebih efektif. Para ulama’ menyadari, bahwa dunia global dengan kemajuan sains dan teknologi sangat mempengaruhi strategi dakwah sesuai dengan tantangan jamannya.
Awal Gagasan
Bermula dari keinginan Habib Muhammad Taufiq Al-Djufri selaku ketua Yayasan PP. Nurul Huda yang mempunyai inisiatif untuk mendirikan sebuah Perguruan Tinggi. Keinginan tersebut diutarakan kepada Habib Mushtofa bin Alwi Al-Djufri selaku pendiri dan pengasuh Pondok Pesantren Nurul Huda serta Hj. Syarifah Fatmah Assegaf. Peristiwa ini bertepatan pada tahun 2006 M/1427 H.
Proses Perintisan
Selanjutnya dilakukan musyawarah dengan jajaran pengurus Yayasan dan guru Nurul Huda untuk membentuk tim kepanitiaan. Ditunjuklah Moch. Mukhlash (Sukamto) asal Banyuwangi sebagai ketua panitia. Salah satu persyaratan penting adalah menyiapkan tenaga pengajar profesional dan relevan, serta mengajukan proposal ke Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Islam (Dirjen DIKTIS).
Visitasi dan Perubahan Jurusan
Pada 12 Juli 2007 diadakan visitasi dari Dirjen DIKTIS. Hasilnya, Prodi Pendidikan Agama Islam (PAI) ditutup karena dianggap sudah jenuh. STAINH kemudian disarankan mengajukan jurusan baru, hingga dipilihlah Prodi Ahwal Al-Syakhshiyah (AS). Visitasi kedua pada 26 Juli 2008 diterima dengan hasil terbaik dari seluruh pengajuan se-Indonesia.
Resmi Berdiri
Pada 16 September 2008 M (17 Ramadhan 1429 H) bersamaan dengan Nuzulul Qur’an, turun ijin operasional STAI Nurul Huda Kapongan Situbondo dengan dua jurusan: Dakwah (KPI) dan Syari’ah (AS), melalui SK Dirjen Pendidikan Islam Jakarta Nomor Dj.01/302/2008.
Perkembangan Selanjutnya
STAI Nurul Huda terus berkembang dengan mengajukan penambahan program studi baru, di antaranya Hukum Ekonomi Syari’ah (Mu’amalah), PGMI, Manajemen Pendidikan Islam, dan PBA. Pada 20 Januari 2015, Prodi Hukum Ekonomi Syari’ah resmi mendapatkan SK Ijin Operasional Nomor 361 Tahun 2015, disusul dengan Prodi PGMI (2015) dan prodi-prodi lainnya.